מכון טיהור שפכים (מט"ש) חדרה תוכנן והוקם בין השנים 1994 – 1997 וממוקם סמוך לאזור התעשייה הצפוני של העיר, בין כביש ארצי מס` 65 לנחל חדרה. המט"ש הופעל בשנת 1997 לאחר שנבנה על שטח של כ 40 דונם כמכון טיהור שפכים אזורי ומטפל בשפכיהם של 6 רשויות: העיר חדרה, פרדס חנה-כרכור, אור עקיבא, בנימינה/גבעת עדה, ג`אסר א-זרקה וקיסריה (אוכלוסייה נוכחית של כ: 160,000 איש).
רשויות אלו שותפות במט"ש ומאוגדות לצורך ניהולו תחת "החברה לטיפול והשבת מי ביוב באזור נחל חדרה בע"מ" החברה שמפעילה את המט"ש.
המט"ש קולט בתשלום גם חלק משפכי מועצה אזורית חוף כרמל שאינה חלק מהחברה לניהול המט"ש. תחום האחריות של החברה הינו לקלוט את השפכים בגבול המוניציפלי של כל אחת מהרשויות, להוליך אותם בצנרת סגורה למט"ש, לטפל בהם במט"ש ולהעבירם באיכות מוסכמת כקולחים להשקיה לרשות המים. מערכת הולכת השפכים הגולמיים כוללת בין השאר צנרת ראשית באורך של 19 ק"מ ושתי תחנות סניקה.
טיפול בבוצה מבוסס על הפחתת נפח הבוצה במהלך הייצוב שנעשה ע"י אוכלוסיית מיקרו אורגניזמים אנארובית במעכלים אנארוביים (ללא חמצן) עם זמן שהיה של 15 עד 20 ימים. בתהליך הפירוק נוצר ביוגז המכיל גז מתאן והגז משמש לחימום הדרוש במעכלים, כך שיתאפשרו תנאים אופטימליים למיקרו אורגניזמים המייצבים את הבוצה.
לאחר הייצוב, הבוצה נסחטת באמצעות צנטריפוגות ותוספת כימיקלים, ומים בכמות משמעותית מורחקים ממנה. הדבר נעשה על מנת להקטין את נפחה ומשקלה לפני המשלוח למערך הקומפסט.
